Eskişehir Osmangazi Üniversitesi İlahiyat Fakültesi 1995/7515 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuştur. Prof. Dr. Mehmet MAKSUDOĞLU, 19.07.1996 tarihinde fakültenin kurucu dekanı olarak atanmıştır. 1998 yılında fakülte bünyesinde Temel İslam Bilimleri, Felsefe ve Din Bilimleri, İslam Tarihi ve Sanatları Bölümlerinin açılmasına izin verilmiştir. Kurucu dekan Prof. Dr. Mehmet MAKSUDOĞLU 2006 yılına kadar görev yapmıştır. 2006-2012 yılları arasında Prof. Dr. Ali ÇELİK dekanlık görevinde bulunmuştur. 2012 yılında dekanlık görevini üstlenen Prof. Dr. Hüseyin AYDIN 10.01.2018 tarihine kadar, ardından atanan Prof. Dr. Mustafa YILDIRIM ise yaş haddinden emekli olduğu 2023 yılı Aralık ayının sonuna kadar dekanlık görevinde bulunmuşlardır. Dekanlık görevi 11 Mart 2024 tarihinde Prof. Dr. Adnan ADIGÜZEL’e tevdi edilmiştir. ADIGÜZEL, hali hazırda dekanlık görevine devam etmektedir.
ESOGÜ İlahiyat Fakültesi ilk defa 2008-2009 eğitim-öğretim yılında lisans düzeyinde 41 öğrenci ile ESOGÜ Çamlık 2 Yerleşkesinde eğitime başlamıştır. İlahiyat Fakültesi 2012-2013 akademik yılında ESOGÜ Meşelik Kampüsü’ndeki binasına taşınmıştır. Sonraki yıllarda öğrenci alımı artarak devam eden fakültemizde 2024-2025 eğitim-öğretim yılında yaklaşık 1300 öğrenci Meşelik Kampüsünde eğitim ve öğretime devam etmektedir. Uzun yıllar lisans bölümüne yılda ortalama 300 öğrenci kabul edilen fakültemiz, 2024-2025 eğitim-öğretim yılında ikinci öğretime öğrenci alınmadığından dolayı bu dönemde sadece birinci öğretime olmak üzere yaklaşık 140 öğrenci kaydolmuştur.
Fakültemiz 2012 yılında Eğitim Fakülteleri bünyesindeki İlköğretim Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Eğitimi Bölümünün İlahiyat Fakültesine devredilmesiyle "İlahiyat" ve "İlköğretim Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Öğretmenliği" olmak üzere iki ana bölümde öğretim vermeye başlamıştır. Ancak YÖK kararıyla 2014 yılından itibaren İDKAB bölümüne öğrenci alınmamış ve Fakültemiz sadece “İlahiyat” bölümü olarak eğitime devam etmiştir.
Fakültemiz bünyesinde 2009-2010 eğitim-öğretim yılında Temel İslam Bilimleri Bölümü’nde yüksek lisans, 2013-2014 Bahar yılından itibaren de Doktora programları açılmıştır. 2010-2011 eğitim-öğretim yılında ise Felsefe ve Din Bilimleri Yüksek Lisans ve Doktora programları açılmıştır. İslam Tarihi ve Sanatları Bölümünde ise 2012-2013 yılında Tezli Yüksek lisan programı öğrenci almaya başlamış, bu bölümde henüz Doktora programı açılmamıştır. 2025 yılı itibariyle ESOGÜ Sosyal Bilimler Enstitüsü’ne bağlı olarak fakültemiz bünyesindeki yüksek lisans ve doktora programlarında kayıtlı yaklaşık 300 öğrenci eğitim görmektedir.
Fakültemiz lisans programını kazanan öğrenciler haftalık 30 saat üzerinden bir yıl Arapça hazırlık eğitimi almaktadır. Hazırlık eğitimini başarıyla tamamlayan öğrenciler dört yıl (sekiz dönem) lisans eğitimi görmektedir.
Fakültemizin akademik kadrosu her geçen gün daha da güçlenmektedir. Bölümlerimizi oluşturan 20 anabilim dalının tamamında öğretim üyemiz bulunmakta ve 2024-2025 dönemi itibariyle fakültemiz bünyesinde yaklaşık 60 akademisyen yer almaktadır.