Eskişehir Osmangazi Üniversitesi İlahiyat Fakültesi 1995/7515 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile kurulmuş ve 19.07.1996 tarihinde de kurucu dekan ataması yapılmıştır. YÖK Başkanlığının 27.01.1998 tarih ve 212 sayılı kararıyla da Temel İslam Bilimleri, Felsefe ve Din Bilimleri, İslam Tarihi ve Sanatları bölümlerinin açılmasına izin vermesiyle hizmete başlayan, yaklaşık yirmi yıla yakın mazisi olan bir kurumdur. Kurucu dekan olan Prof. Dr. Mehmet MAKSUTOĞLU bu görevi 2006 yılına kadar devam ettirmiştir. 2006-2012 yılları arasında ise Prof. Dr. Ali ÇELİK dekanlık yapmıştır. ESOGÜ bünyesinde 2008-2009 eğitim- öğretim yılından itibaren lisans düzeyinde öğrenci alınmaya başlanmıştır.
Fakültemiz, 2008-2009 eğitim-öğretim yılında 41 öğrencisiyle Çamlık 2 Yerleşkesinde Lisans eğitimine başlamıştır. 2012 yılında ise Eğitim Fakülteleri bünyesindeki İlköğretim Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Eğitimi Bölümü İlahiyat Fakültesine devredilmesi dolayısıyla, bölüm sayısı dörde ulaşmıştır. 

"İlahiyat" ve "İlköğretim Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Öğretmenliği" olmak üzere iki ana bölümde öğretim yapılmaktadır. Tüm bölümlerimizde ikinci öğretim programı da uygulanmaktadır. 2014 yılında itibaren ise İDKAB bölümüne öğrenci alınmamaktadır.

Fakültemizde 2009-2010 eğitim-öğretim yılı itibarıyla Temel İslam Bilimleri Bölümü’nde yüksek lisans, 2013-2014 Bahar yılından itibaren ise Doktora programları açılmıştır. 2010-2011 eğitim-öğretim yılından itibaren ise Felsefe ve Din Bilimleri ve İslam Tarihi ve Sanatları Bölümlerinde’de Yüksek Lisans ve doktora programı açılmıştır. Halen 200 yakın yüksek lisans ve doktora öğrencimiz bulunmaktadır.

Her yıl ortalama 280 öğrencinin kabul edildiği fakültemizde, toplamda 1200 civarında öğrencimiz eğitim öğretime devam etmektedir. Öğrenci-öğretim elemanı arasındaki yakın, olumlu ve etkin iletişim sürdürülerek kalıcı bir eğitim yürütülmeye çalışılmaktadır.